Propulsé dans le passé à cause d'une machine de Gorilla Grodd, Batman se réveille en plein Japon féodal, à l'ère Sengoku, où les guerres de clans ravagent le pays. Le Joker et quelques super vilains comme sa compagne démente Harley Quinn, le Pingouin, Catwoman, Poison Ivy, Double-Face et Deathstroke font eux-aussi le voyage. Le clown du crime s'improvise seigneur pour semer la mort et le chaos tandis que ses comparses s'affrontent pour acquérir pouvoir et richesses. Heureusement, le Chevalier Noir peut compter sur ses pupilles Robin, Red Robin, Red Hood et Nightwing venues l'épauler. Dans ce combat mortel entre des criminels dépourvus de tout sens moral et des samouraïs défendant leur sens de l'honneur, le Croisé Masqué réussira-t-il à ne pas dévier de la voie du bushido ?