Menés par Hunter, le Bad Batch (ou Force Clone 99) est un escadron d'élite spécial de cinq soldats clones d'élite nés avec des mutations génétiques, aux méthodes de combat peu conventionnelles et au tempérament peu docile. Servant autrefois la défunte République Galactique durant la Guerre des Clones, ces soldats "défectueux" furent intégrés dans les rangs de l'Empire nouvellement créé. Alors que celui-ci tente d'assurer sa mainmise sur la galaxie, l'amiral Wilhuff Tarkin envoie l'escadron éliminer des insurgés menés par Saw Gerrera (Rogue One, Rebels). Seulement ils ne peuvent se résoudre à exécuter des civils innocents et se retrouvent par conséquent accusés de trahison. Quand Tarkin ordonne à Crosshair — qui a subi un lavage de cerveau — d'exécuter ses anciens coéquipiers, le Bad Batch s'évade avec l'aide d'une nouvelle recrue, une enfant nommée Omega, un clone au statut spécial caché de l'Empire Galactique par ses créateurs les Kaminoens. Désormais recherchés par l'Empire, ils entreprennent des missions de mercenaires tout en luttant pour survivre et trouver un nouveau but à leur existence...
Diffusée dès le 4 mai à l'occasion d'un épisode spécial d'une heure, la série prend place peu après la fin de la Guerre des Clones lors de l'épisode III : La Revanche des Sith et met en lumière une escouade fictive de l'univers étendu de Star Wars. Constituée de soldats clones d'élite génétiquement modifiés qui servaient jadis la République galactique, cette unité spéciale est introduite pour la première fois au cours de l'ultime saison de The Clone Wars.