À la suite d'une vague de plus d'une dizaine d'attentats visant les gratte-ciel du monde entier, Tôkyô est elle aussi touchée. Face à cet évènement planétaire, les cyborgs de la série 00, après plusieurs dizaines d'années d'inactivité, retrouvent le service actif. Joe Shimamura, le cyborg 009 destiné à être le chef de l'équipe, est à l'écoute de la Voix, qui semble être à l'origine de tous ces attentats.
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