Première partie : En 298 de l'ère divine, trois jeunes filles, Sumi Washio, Sonoko Nogi et Gin Minowa, ont choisi de protéger le dieu des arbres, menacé par des esprits maléfiques.
Seconde partie : En l'an 300 de l'ère divine, Yûki Yûna et ses trois amies Fu, Itsuki et Togo sont membres du Club des Héros, dont le but officiel est de participer à des activités d'intérêt général. Mais en vérité, il regroupe les personnes choisies par le dieu des arbres pour le protéger des Vertex, esprits malfaisants qui s'en prennent à lui. Leur mission est de les combattre, en costume de magical girl évidemment !
-MIRAhidote-
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