Shio Ogura est une lycéenne empotée, timide mais vouant une passion dévorante pour tout ce qui concerne l'armement militaire. De plus, elle est hantée par les réminiscences d'Oda Nobunaga, un célèbre daimyô japonais. Sa vie est bouleversée lors d’un voyage scolaire à Taiwan. Elle et sa nouvelle amie Asao sont attaquées par des monstres appelés les « Evolved Invaders ». Alors que l'armée n'est d'aucun secours, un jeune homme parvient à les contrer grâce aux talents hérités de Jack l'éventreur. Pourtant, il est acculé et la jeune fille ramasse son arme qui, à son contact, se transforme alors en un canon géant automatique contenant l'esprit de son aïeul. Shio se retrouve engagé dans la DoGoo (Defense Organization aGainst Outer Objects), l'organisation supranationale chargée de lutter contre ces envahisseurs, sous le nom de Nobunagun...