Pour lutter contre le terrorisme à Tokyo, une organisation composée de jeunes orphelines, les Lycoris, a été mise en place à Tokyo pour y remédier par la manière forte. Takina Inoue, une tête brûlée, a été muté suite à une mission où son mauvaise esprit d'équipe aurait pu avoir de lourdes conséquences. Elle se retrouve à travailler au LycoReco, un café qui abrite des anciens membre des Lycoris, notamment Chisato Nishikigi, une prodige qui ne veut plus tuer. Ensemble, elles vont s'afférer à des petites tâches pour aider leurs concitoyens. Combien de temps, leur répit va t-il durer avant qu'un terroriste ne vienne menacer la paix quotidienne ?
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