L'histoire nous emmène en l'an 2061 où le monde est contrôlé par quatre blocs commerciaux. Le Japon est sous une occupation militaire oppressive où des méchas appelés AMAIM patrouillent dans les villes. Nous suivons Amo Shiiba, un jeune garçon, qui va rencontrer l'intelligence artificielle Gaia et ainsi pouvoir utiliser l'AMAIM Kenbu qu'il avait réparé lui-même. Le combat pour l'indépendance du Japon va pouvoir débuter.