Le jeune Kubo vit avec sa mère dans un paisible village de pêcheurs au sein du Japon médiéval. Jour après jour, le garçonnet régale les habitants de ses histoires les plus folles en les illustrant de personnages en origami qui prennent littéralement vie lorsque résonne son Shamisen (un instrument musical magique). Mais cette existence relativement calme se trouve bouleversée lorsqu'il invoque par erreur un démon de son passé qui descend des cieux pour abattre son courroux sur cette terre. Dans sa fuite, Kubo fait équipe avec Monkey et Beetle pour retrouver une armure mystique jadis portée par son défunt père, un samouraï légendaire, et ainsi sauver sa famille...