Prisonnière de l'Empire aussi loin qu'elle s'en souvienne, Lyria a en elle le pouvoir des ancestraux : celui d'invoquer les bêtes originelles telles que Bahamut. Souhaitant lui redonner sa liberté, le lieutenant Katalina décide de se rebeller contre les ordres. Toutefois, les choses ne se passent pas comme prévues et Lyria se retrouve projeter du vaisseau amiral, non loin d'un village. Elle fait ainsi la rencontre de Gran, un adolescent qui espère un jour retrouver les traces de son père. Prêt à l'aider, ce dernier se met alors en quête de la protéger sans imaginer l'ampleur de l'aventure et des dangers qui l'attendent au tournant.