Dans un certain futur, la Terre a été polluée et abandonnée par les hommes. Toutefois au fond des abysses, une grotte abrite encore quelques espèces sous-marines. Deep, un jeune poulpe, y vit reclus avec son grand-père, le Kraken, le héros et sauveur de cette communauté aquatique. Ce dernier interdit à tous de sortir de la caverne pour ne pas courir de danger.
Mais le jeune Deep ne rêve que d’une chose, c’est d’explorer le monde extérieur !
Un jour, avec ses deux amis Alice (une crevette) et Evo (un poisson-pêcheur), il choisit de faire le mur. En jouant innocemment avec un missile, qu'il confond avec un bateau, ce dernier explose et crée une brèche dans le sol. Cette faille provoque une éruption volcanique sous-marine ainsi qu’un éboulement qui enferme cette petite colonie.
Pieds et poings liés, le kraken autorise le trio à s’aventurer dans ce monde inconnu pour aller chercher Nathan, une baleine qui se trouve à « la cité des hommes ». Lui seul aurait la force d’enlever l’énorme caillou qui obstrue la sortie de leur refuge. Or le temps est compté ! La lave monte implacablement et menace d'engloutir la colonie...
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