L'histoire se déroule dans un Tokyo alternatif où d'étranges phénomènes se passent. En effet, des super-humains venus tout droit d'œuvres de fiction, de mondes fantaisistes, d'anciennes civilisations ou même de l'espace apparaissent. On les appelle les Choujin.
Afin de remédier à cette situation chaotique et de maintenir un semblant d'ordre, le gouvernement crée le département des super-humains, qui a pour mission de contrôler ceux-ci.